Según el Cronista Oficial de Arcos de la Frontera don Manuel Pérez Regordán; "La Historia de Arcos a través de sus Calles", Volumen III.
La Parroquia de San Francisco: De últimos del siglo XV o principios del XVI data la memoria de una capillita dedicada al culto de San Antonio de Padua, que daría origen a la erección del Convento de San Francisco, fundado por la duquesa doña Beatriz Pacheco en el año 1510. El padre fundador fue el venerable Fray Antonio de Zamora que encontró graves inconvenientes entre los vecinos Gomeles para abrir el cenobio.
San Antonio de Padua
Fue el más importante convento arcense y en él había enfermería, hospedería, barbería... La biblioteca contaba con 3.493 libros el año 1717 y estaba abierta a los curiosos. En el capítulo que se celebró el 13 de diciembre de 1698 fue elevado a Colegio de Propaganda Fide, siendo el primer Guardián el P. Fray Francisco Cabra del Santísimo Sacramento.
En 1946 se realizaron obras en el templo por suscripción popular que organizó el entonces párroco de Santa María don Antonio Gómez Villalobos, las tres cofradías de penitencia y el alcalde don Francisco Velázquez-Gaztelu y Caballero-Infante; se había hundido la bóveda de la capilla de las Llagas, en la que recibía culto San buenaventura, y amenazaba ruina toda la iglesia. Por fin, el párroco don Fernando Rollán García-Donas tuvo la feliz idea de interesar a la Excma. Sra. Doña María Josefa Moreno Segura en la reparación total del templo. Se iniciaron las obras en 1959 y terminaron en 1962, con un coste total de 1.413.457 pesetas.
El 26 de septiembre de 1965, el Obispo Auxiliar del Arzobispado de Sevilla, Monseñor Cirarda Lachiondo daba posesión de la nueva parroquia de San Francisco al presbítero sanluqueño don Manuel Rodríguez Salas, cuyos primeros actos parroquiales consistieron -aquel mismo día- en el Bautismo del niño Manuel Fernández Quirós y los Desposorios de don Manuel Ríos Perdigones y doña Leonor García Roldán.